La première église du village se situait de l’autre côté de la route, au niveau du terrain de boules. 

Totalement ravagée en 1570, lors des guerres des religions, elle fut sommairement réparée et perdurera ainsi deux siècles avant que Jean Pierre de Lassus, nouveau consul et propriétaire du château, ne la fasse reconstruire à l’emplacement actuel, entre 1765 et 1767. 

Cette deuxième église, à l’architecture classique du midi toulousain avec son clocher-mur, était plus vaste que celle d'aujourd’hui. Elle bénéficiait au niveau du porche d’entrée, d’une grande capelade latérale avec des "sièges en-dessous” qui protégeait de la pluie et servait de lieu de rencontre aux gens du village. 

Dépouillée et transformée en maison commune sous la Révolution, et malgré de nombreux et onéreux travaux d’entretien au long des XIXe et XXe siècles, l’église était devenue insalubre et dangereuse, tant pour les fidèles que pour les passants. 

Fermée au culte en janvier 1973, elle fut démolie puis reconstruite au même emplacement mais avec de profondes modifications : le clocher-mur, autrefois accolé au château fut déplacé au-dessus du porche et le chœur fortement réduit afin de permettre la rectification du virage dangereux qui la borde. 

Sur le territoire de notre commune, il n’a été trouvé aucun vestige de la période préhistorique ou de l’Antiquité, ni aucun élément historique ou géographique qui justifierait l’appellation de Saint-Geniès. 

Le village est mentionné pour la première fois à l'époque médiévale où il se serait formé autour d’une fondation religieuse. 

C’est à ce titre qu’il fait son apparition dans l'histoire parmi les nombreuses possessions en pays Toulousain de l’abbaye de Saint-Pierre de Lézat, en Ariège. 

L’église actuelle est de facture très contemporaine, sans style particulier. Toutefois, elle s’inscrit dans une longue histoire puisqu’elle est l’héritière de deux églises précédentes. 

La première église se trouvait sur le terrain de boules actuel et devait être de dimensions très modestes, puisque sur cet emplacement se trouvait également la demeure seigneuriale de la famille Berthier.  

Jean Berthier devenu très riche par le commerce du pastel et hautement considéré par la charge de Capitoul, avait jugé cette demeure trop petite.  

L'église restée orpheline sur sa place, fut brûlée et dévastée par les Huguenots en 1570, en même temps que celle de Rouffiac, Castelmaurou et beaucoup d’autres dans la région.  

Il faudra attendre près de 200 ans et l’arrivée de Jean Pierre de Lassus, nouveau capitoul de Toulouse, pour revoir une autre église à Saint-Geniès, qu’il veut édifier près du château. Mais Jean-Pierre de Lassus ne verra pas l’achèvement de l'église, car il décédera avant la fin des travaux. Celle-ci est attestée par la date gravée sur la clef de voûte du porche d’entrée : 1767. 

Cette deuxième église était très semblable à celle d'aujourd’hui : clocher-mur toulousain et porche d’entrée latéral. Malheureusement, construite sur un ancien cimetière et surtout sans fondations, elle a subi rapidement l’usure du temps et fut l’objet de nombreux et coûteux travaux d’entretien.  

Au début des année 1970, la municipalité a été contrainte de la fermer par mesure de sécurité, avec cependant l’intention de la reconstruire. En effet, Monsieur Pierre Alchié, maire du village à l’époque, avait coutume de dire : « Un village sans église est un village sans âme. » 

Mais, séparation de l’Église et de l’État oblige, il ne put être question de construction neuve mais de restauration. De fait, la mairie est restée maître d’œuvre et responsable du financement, avec obligation de respecter la localisation, le style et les plans de l’ancienne église. 

Ainsi, cette restauration-reconstruction de l’église ne la dissocie pas du patrimoine architectural historique de Saint-Geniès Bellevue.